Une fois les graines, les fibres et la peau retirées, il existe plusieurs façons de préparer le potiron.
Celui-ci se consomme fréquemment en purée ou en soupe, accompagné de lardons et de crème, mais il entre aussi dans la confection de tartes automnales ou de desserts, très répandus lors des célébrations d'Halloween. On peut aussi en couper de petits dés de chair pour les faire revenir à la poêle, et choisir d'en faire un accompagnement, voire une salade s'il s'agit de potimarron.
Outre la chair, les graines aussi sont comestibles, en apéritif, une fois grillées et salées.

Côté conservation, le potiron peut se garder plusieurs mois tel quel, à condition d'être entreposé dans un local bien ventilé et à une température comprise entre 10 et 20°C. Il se conserve également très bien en purée ou en soupe, mais uniquement au congélateur ou en bocaux stérilisés. Attention en revanche, une fois découpé en tranches, sa durée de conservation n'excède pas quelques jours.